La misión del Programa es contribuir al desarrollo sustentable de la industria de los équidos desde la zona sur-austral del país, desde un punto de vista productivo, reproductivo y sanitario, incluyendo la formación ética y profesional de Médicos Veterinarios y la interacción con la comunidad relacionada a éstos.

Conformar un grupo de referencia a nivel nacional, que desarrolle actividades de investigación y extensión relacionados con équidos, abarcando distintos ámbitos tales como reproducción, clínica medico-quirúrgica, bienestar, salud poblacional y producción.

• Desarrollar líneas de investigación y gestionar proyectos para la creación de nuevos conocimientos.
• Facilitar la colaboración e interrelación entre distintas actividades, proyectos, grupos y programas relativos a los équidos.
• Transferir el conocimiento a la comunidad regional, nacional e internacional.
• Incrementar la oferta de asignaturas relacionadas con la especie equina a los estudiantes de pre- y postgrado de la Universidad Austral de Chile.
• Establecer vínculos estratégicos con instituciones y/o asociaciones estatales y privadas relevantes al mundo ecuestre (SAG, CONAF, ACHVE, DGFER, FIAVE, Federaciones y Asociaciones hípicas y ecuestres, Criaderos y Haras, entre otros).